La structure de caisse de C1 assure une excellente protection des occupants :
- les blocs avant et arrière sont composés de brancards à déformation programmée ;
- le soubassement et les montants de pare-brise ont été étudiés pour absorber et dissiper l’énergie vers l’arrière du véhicule ;
- des barres de renfort dans les portes protègent les passagers lors de chocs latéraux.

C1 peut disposer de quatre airbags pour une protection optimale de tous les passagers :
- deux airbags frontaux (l’airbag passager est désactivable afin d’installer un siège bébé à l’avant) ;
- deux airbags latéraux qui protègent le thorax et l’abdomen des passagers ;

C1 est équipée d’un dispositif de freinage particulièrement complet :
- deux disques ventilés à l’avant ;
- un ABS (Anti Blocking System) qui régule électroniquement la pression de freinage pour éviter le blocage des roues ;
- un répartiteur électronique de freinage (REF) qui équilibre la pression de freinage entre les roues ;
- un CSC (contrôle de stabilité en courbe) qui stabilise la trajectoire lors du freinage en courbe.

La banquette arrière (avec dossier 50/50) bénéficie de fixations Isofix à trois points d'ancrage afin d’installer des sièges enfant en toute sécurité.